当センターは昭和29年に県立整肢療育園として開設され、肢体不自由児および重症心身障害児に対する療育・訓練を基本とした、医療と福祉を行う施設としてスタートしました。平成13年には「こどもの心と体の発達支援」を基本理念とした包括的療育拠点施設「こども医療福祉センター」として小児科を診療科目に加え、小児医療の充実を図り、すべての障害児を対象とした県下の拠点施設としての役割を担っています。入院・入所中の児童は隣接する長崎県立諫早東特別支援学校で義務教育を受けることができます。